Europos geležinkeliai yra vieni saugiausių pasaulyje, o palyginti su kitomis transporto rūšimis, mirtingumo rizika keliaujant traukiniais yra viena žemiausių.
Pagal mirčių skaičių kelionės traukiniais beveik 30 kartų saugesnės nei automobiliais ir daugiau kaip 2 kartus saugesnės, nei keliaujant autobusais.
Įgyvendinant projektą „Rail Baltica“ ypatingas dėmesys skiriamas saugiai eismo infrastruktūrai sukurti – naikinamos probleminės vieno lygio geležinkelių pervažos ir pėsčiųjų perėjos, kurios keičiamos į modernius požeminius tunelius transporto priemonėms, dviratininkams bei pėstiesiems.
Eismo dalyvių saugumą taip pat užtikrins rekonstruojami esami ir nauji viadukai. Numatyta, kad užbaigus projektą visos geležinkelio pervažos ir pėsčiųjų perėjos bus dviejų lygių, o „Rail Baltica“ linija per visą ilgį bus aptverta tvora.
ES siekia išlaikyti aukštus standartus ir suderinti saugos reikalavimus visoje ES.
Šios srities suderinimas ne tik užtikrina optimalų saugumą, bet ir padeda pagerinti nacionalinių geležinkelių sistemų suderinamumą.
Skirtingos nacionalinės saugos taisyklės yra pagrindinė kliūtis naujoms geležinkelio įmonėms, siekiančioms įsitvirtinti rinkoje, ar bet kuriai bendrovei, norinčiai naudotis geležinkelių infrastruktūra skirtingose ES šalyse.
ES teisės aktai nustato suderinto požiūrio į geležinkelių saugą ES pagrindą.
Jame nustatomos saugos sertifikato išdavimo sąlygos, kurias kiekviena geležinkelio įmonė turi gauti, kad galėtų važiuoti traukiniais Europos tinkle.
Todėl įgyvendinant projektą „Rail Baltica“ traukinių eismas bus valdomas naujausios kartos vieninga Europos geležinkelių eismo valdymo sistema – ERTMS.
Keleivių stotyse bus visa reikiama infrastruktūra, kad važiavimas traukiniu būtų sugus, paprastas ir malonus.