Įgyvendinant sutartį iki 2021 m. pabaigos numatoma suplanuoti naują 249 km/val. projektinio greičio „Rail Baltica” geležinkelio liniją Kaunas–Vilnius. Geležinkelio linija bus pastatyta iki 2026 m. pabaigos. Skaičiuojama, kad maksimalus keleivių vežimo greitis sieks 234 km/val. Naujoje linijoje per parą kursuos 10 keleivinių traukinių. Kelionės laikas iš Vilniaus į Kauną bus iki 38 min., į Panevėžį – 37 min., Rygą – 1 val. 54 min., Taliną – 3 val. 38 min., Varšuvą – apie 3 val.Planuojant geležinkelio liniją taip pat bus parengti Vilniaus keleivių geležinkelio stoties, jos jungties su Vilniaus tarptautiniu oro uostu, Vilniaus intermodalinio terminalo bei jam skirto aptarnauti prekinių traukinių kelyno išvystymo pagal projekto „Rail Baltica” reikalavimus sprendiniai. Šiuo specialiuoju planu bus sprendžiamas ir naujai planuojamo tarptautinio oro uosto ties Elektrėnais bei esamo Kauno tarptautinio oro uosto prijungimas prie projekto „Rail Baltica”. Specialiuoju planu taip pat bus parengti šalia Kauno tarptautinio oro uosto numatomo statyti 1435 mm pločio vėžės kelyno skirto formuoti prekinius traukinius sprendiniai.
Siekiant padidinti „Rail Baltica” geležinkelio linijos Kaunas–Vilnius patrauklumą keleiviams, papildomai bus planuojamos Lentvario, Vievio ir Kaišiadorių regioninės keleivių stotys bei jungtys su jomis.
Savo ruožtu, AB „Lietuvos geležinkelių infrastruktūra „, kuri yra projekto „Rail Baltica” vykdytoja Lietuvoje, atsakinga už europinio geležinkelio infrastruktūros statybas šalyje taip pat prisideda ir prie Vilniaus geležinkelio stoties teritorijos modernizavimo projekto „Vilnius Connect” įgyvendinimo. Šio projekto įgyvendinimo metu ketinama modernizuoti Vilniaus geležinkelio stoties teritoriją ir joje įkurti modernų daugiafunkcį mobilumo, verslo ir laisvalaikio centrą, kuris formuos naują modernaus ir veržlaus Vilniaus vartų įvaizdį.
AB „Lietuvos geležinkelių infrastruktūra” generalinio direktoriaus Karolio Sankovski teigimu, vykdant „Rail Baltica” projektą ypatingai didelis dėmesys skiriamas neigiamo poveikio aplinkai ir visuomenės sveikatai mažinimui. Todėl visa geležinkelio linija bus elektrifikuota, naftos produktus naudojančių traukinių eismas nebus organizuojamas, šalia gyvenamųjų bei visuomeninių teritorijų bus įrengtos triukšmą ir vibraciją mažinančios priemonės, visa geležinkelio linija bus aptverta, atitinkamai pertvarkomi automobilių keliai, statomi nauji automobilių geležinkelio viadukai bei įrengiamos gyvūnų praginos.
Visi susisiekimo komunikacijų inžinerinės infrastruktūros vystymo plano ir poveikio aplinkai vertinimo parengimo sprendiniai bus nuolat viešinami, taip pat organizuojami viešieji projekto aptarimai su gretimų teritorijų visuomene.
Šiuo metu aktyvūs „Rail Baltica” statybos darbai vyksta Kauno geležinkelio mazge, kuriuos užbaigus Kauno intermodalinis terminalas bus sujungtas su Europos geležinkelių tinklu ir taps pagrindiniu perkrovos centru. Taip pat vyksta „Rail Baltica” linijos nuo Kauno iki Lietuvos-Latvijos sienos projektavimo bei žemės paėmimo visuomenės reikmėms privažiavimo keliams prie „Rail Baltica” įrengti darbai. Pačiai „Rail Baltica” linijai nuo Kauno iki Lietuvos–Latvijos sienos žemės paėmimo visuomenės reikmėms procedūros jau baigtos.